互いに交雑しない二つの架空の系統 X、Y について、相同な DNA の二つの区間を比較する。区間 I と II はともに 12 塩基長であり、全長に対する重みは等しい。R は分岐直前の祖先配列で、復元誤差はない。挿入・欠失、遺伝子流動および組換えはないものとする。表の各文字は同じ列の塩基と対応し、座位番号は区間ごとに左から数える。
現存する X と Y の不一致率を p、一座位当たりの推定置換数を K とする。設問（2）（3）では、各区間内で四塩基の平衡頻度と置換率が対称なモデルを用い、区間間では置換量が異なってもよい。補正式は以下のとおりである。計算には ln2=0.6931、ln3=1.0986 を用いてよい。
对互不杂交的两个虚构谱系 X、Y，比较其同源 DNA 的两个区段。区段 I 和 II 均为 12 个碱基长，因而在全长中权重相等。R 为分化前一刻的祖先序列，假定重建无误。不发生插入、缺失、基因流动和重组。表中同一列的碱基相互对应，位点编号在各区段内从左向右计数。
以 p 表示现存 X、Y 序列的不一致比例，以 K 表示每个位点的估计替换次数。在第（2）（3）问中，各区段内采用四种碱基平衡频率与替换速率均对称的模型，区段间的替换量可以不同。校正公式如下。计算时可使用 ln2=0.6931、ln3=1.0986。
（1）仅对区段 I 的第3个位点，假定分化后每条分支至多发生1次替换。尽管 X 与 Y 在此位点相同，仍会漏计两条分支上的替换。造成这一现象的事件是什么？选择最恰当的一项。
表1 虚构的已对齐 DNA 序列序列区段 I（12 个碱基）区段 II（12 个碱基）RACGTTACGATGCTTGACCGATGCAXACATTACGATGCTTGACCGATGCAYACATTGCGTTGAATCATCAACGTAK=f(p)=−43ln(1−34p),0≤p<43
